mothur

入れてみる。

参考;http://stat.biopapyrus.net/

カッコ悪いけどウィンドウズUIでしょうな。

http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur#Windows_GUI

read meには、

 

To run the project from the command line, go to the dist folder and

type the following:

 

java -jar "mothurGUI.jar" 

 

と書いてある。x64のprogram filesフォルダに移して、動かしてみた。

 

C:\Program Files\mothurGUI>java -jar"mothurGUI.jar"

'java' は、内部コマンドまたは外部コマンド、

操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。

 

と出た。ジャヴァを先に入れとかないといかんのかな?

http://www.java.com/ja/download/manual.jsp

32bitか64bitかの問題。win8のデスクトップ版は32bitらしい。

動きはしたが、ログファイルが存在しないなどのエラーアラートが続発する。

 

unifrac

http://bmf.colorado.edu/unifrac/

fastunifrac

http://unifrac.colorado.edu/

 

平日ダイヤ

大阪なんば・関西空港和歌山港徳島港

平成25年3月20日変更

南海電鉄 南海フェリー
列車名 なんば発 関西空港 和歌山市 和歌山港 便 和歌山港 徳島港
※1便 休航
2便 2:40 4:50
3便 5:35 7:35
急行 7:02 7:24   8:14 4便 8:30 10:35
サザン 9:10 9:27   10:13 5便 10:40 12:50
サザン 12:15 12:24 普13:25 13:29 6便 13:40 15:50
サザン 14:45 14:54 普16:03 16:07 7便 16:30 18:35
サザン 17:40 17:53   18:45 8便 19:10 21:20
サザン 20:10 20:26   21:17 9便 21:35 23:45

 

こういうのを作らないといかんのだろうな。。。

https://ueharazaidan.yoshida-p.net/houkokushu/Vol.26/pdf/033_report.pdf

UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1317376/pdf/1021-05.pdf

ほくそ笑むの主座標分析

http://d.hatena.ne.jp/hoxo_m/20120313/p1

Use of multivariate statistics for 16S rRNA gene analysis of microbial communities.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17602772

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