入れてみる。
参考；http://stat.biopapyrus.net/
カッコ悪いけどウィンドウズUIでしょうな。
http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur#Windows_GUI
read meには、
To run the project from the command line, go to the dist folder and
type the following:
java -jar "mothurGUI.jar"
と書いてある。x64のprogram filesフォルダに移して、動かしてみた。
C:\Program Files\mothurGUI>java -jar"mothurGUI.jar"
'java' は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
と出た。ジャヴァを先に入れとかないといかんのかな？
http://www.java.com/ja/download/manual.jsp
32bitか64bitかの問題。win8のデスクトップ版は32bitらしい。
動きはしたが、ログファイルが存在しないなどのエラーアラートが続発する。
unifrac
http://bmf.colorado.edu/unifrac/
fastunifrac
| 南海電鉄 | 南海フェリー | |||||||
| 列車名 | なんば発 | 関西空港発 | 和歌山市発 | 和歌山港着 | 便 | 和歌山港発 | 徳島港着 | |
| － | － | － | － | － | ※1便 | 休航 | ||
| － | － | － | － | － | 2便 | 2:40 | 4:50 | |
| － | － | － | － | － | 3便 | 5:35 | 7:35 | |
| 急行 | 7:02 | 急 | 7:24 | 8:14 | 4便 | 8:30 | 10:35 | |
| サザン | 9:10 | 急 | 9:27 | 10:13 | 5便 | 10:40 | 12:50 | |
| サザン | 12:15 | 普 | 12:24 | 普13:25 | 13:29 | 6便 | 13:40 | 15:50 |
| サザン | 14:45 | 普 | 14:54 | 普16:03 | 16:07 | 7便 | 16:30 | 18:35 |
| サザン | 17:40 | 普 | 17:53 | 18:45 | 8便 | 19:10 | 21:20 | |
| サザン | 20:10 | 普 | 20:26 | 21:17 | 9便 | 21:35 | 23:45 | |
こういうのを作らないといかんのだろうな。。。
https://ueharazaidan.yoshida-p.net/houkokushu/Vol.26/pdf/033_report.pdf
UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1317376/pdf/1021-05.pdf
ほくそ笑むの主座標分析
http://d.hatena.ne.jp/hoxo_m/20120313/p1
