クレード clade

インフルエンザを難解にしているのは、その名称があいまいで、猥雑だからかもしれない。

分類をだれかわかりやすくシェーマにしてくれー。

まず、インフルエンザウイルス

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B6

「A・B・Cの3型があり、このうちA型とB型がヒトのインフルエンザの原因」となる。

Bは分類しやすいけど、Aはいいいいいいいいっっっっっっぱいある。

「A型インフルエンザウイルスにはHAとNAの変異が特に多く、これまでHAに16種類、NAに9種類の大きな変異が見つかっており、その組み合わせの数の亜型が存在」するそうな。

順列じゃなくて組み合わせ。でも医学は数学じゃないので、実際人に感染するのは、

「2009年現在で、「Aソ連型」として知られているH1N1、「A香港型」として知られているH3N2、H1N2、H2N2、の4種類」

よかった。よかった。4種類。
でも名前がめんどくさい。AH1N1はAソ連型と言われるが、スペイン風邪の原因だった。ソ連かスペインかどっちかにして欲しい。AH3N2はA香港型と言われるが、香港かぜの原因、、あ、これはそのままや。福建風邪の原因”かもしれん”らしい。まあ、烏龍茶的ななにかであろうな。

しかーし。その下に魔のクレードが存在する。
http://ja.wikipedia.org/wiki/A%E5%9E%8B%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AB%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B6%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B9

「インフルエンザウイルスは同じ亜型でもしばしば突然変異を起こし、性質が変化することがある。しかし、その大部分はその後絶滅する。例えば、ある年に流行したH3N2型インフルエンザウイルスと、別の年に流行したH3N2型インフルエンザウイルスの性質は全く異なっている場合もある。」

これだ。何のための分類かと思うけど、ワクチンが効かない理由になる。
そしてwikipediaではクレードに関する記述が不十分だ。結局遺伝子配列を見ないとすっきりしないはず。

http://www.fludb.org/brc/influenza_sequence_search_strain_display.do?method=ShowCleanSearch&decorator=influenza

このサイトでは、日本で分離されたH3N2亜型(この日本語もどうだろう、subtypeでいいと思う。)の遺伝子配列が抽出できる。

期間を2011-2012に指定すると、116株が配列決定されている。でも、去年のシーズンの登録株しかない。。

ちなみに大阪で分離された株のNAのシークエンス;

Genomic Sequence :

ATGAATCCAA ATCAAAAGAT AATAACGATT GGCTCTGTTT CTCTCACCAT 0050
TTCCACAATA TGCTTCTTCA TGCAAATTGC CATCCTGATA ACTACTGTAA 0100
CATTGCATTT CAAGCAGTAT GAATTCAACT CCCCCCCAAA CAACCAAGTG 0150
ATGCTGTGTG AACCAACAAT AATGGAAAGA AACATAACAG AGATAGTGTA 0200
TCTGACCAAC ACCACCATAG AGAAGGAAAT ATGCCCCAAA CTAGCAGAAT 0250
ACAGAAATTG GTCAAAGCCG CAATGTGACA TTACAGGATT TGCACCTTTT 0300
TCTAAGGACA ATTCGATTAG GCTTTCCGCT GGTGGGGACA TCTGGGTGAC 0350
AAGAGAACCT TATGTGTCAT GCGATCCTGA CAAGTGTTAT CAATTTGCCC 0400
TTGGACAGGG AACAACACTA AACAACGTGC ATTCAAATAA CACAGTACGT 0450
GATAGGACCC CTTATCGGAC CCTATTGATG AATGAGTTAG GTGTTCCTTT 0500
TCATCTGGGG ACCAAGCAAG TGTGCATAGC ATGGTCCAGC TCAAGTTGTC 0550
ACGATGGAAA AGCATGGCTG CATGTTTGTA TAACGGGGGA TGATAAAAAT 0600
GCAACTGCTA GCTTCATTTA CAATGGGAAG CTTGTAGATA GTGTTGTCTC 0650
ATGGTCCAAA GAAATCCTCA GGACCCAGGA GTCAGAATGC GTTTGTATCA 0700
ATGGAACTTG TACAGTAGTA ATGACTGATG GGAGTGCTTC AGGAAAAGCT 0750
GATACTAAAA TACTATTCAT TGAGGAGGGG AAAATCGTTC ATACTAGCAC 0800
ATTGTCAGGA AGTGCTCAGC ATGTCGAGGA GTGCTCTTGC TATCCTCGAT 0850
ATCCTGGTGT CAGATGTGTC TGCAGAGACA ACTGGAAAGG CTCCAATAGG 0900
CCCATCGTAG ACATAAACAT AAAGGATCAT AGCATTGTTT CCAGTTATGT 0950
GTGTTCAGGA CTTGTTGGAG ACACACCCAG AAAAAACGAC AGCTCCAGCA 1000
GTAGCCATTG TTTGGATCCT AACAATGAAG AAGGTGGTCA TGGAGTGAAA 1050
GGCTGGGCCT TTGATGATGG AAATGACGTG TGGATGGGAA GAACGATCAA 1100
CGAGACGTCA CGTTTAGGGT ATGAAACCTT CAAAGTCATT GAAGGCTGGT 1150
CCAACCCTAA GTCCAAATTG CAGATAAATA GGCAAGTCAT AGTTGACAGA 1200
GGTAATAGGT CCGGTTATTC TGGTATTTTC TCTGTTGAAG GCAAAAGCTG 1250
CATCAATCGG TGCTTTTATG TGGAGTTGAT TAGGGGAAGA AAAGAGGAAA 1300
CTGAAGTCTT GTGGACCTCA AACAGTATTG TTGTGTTTTG TGGCACCTCA 1350
GGTACATATG GAACAGGCTC ATGGCCTGAT GGGGCGGACC TCAATCTCAT 1400
GCCTATATAA 1410

ま、まとりっくすー
今シーズンの配列しりたいなー。そして、クレード、謎。


「孵化鶏卵をワクチン製造に用いる限りこのような問題は毎年起こり得ることであり、これを解決するためには、一刻も早く培養細胞を用いたワクチン製造へ切り替える必要がある。」

これだ。橋下市長、ここが改革ポイントですよ!